1999年4月获国务院颁发的“政府特殊津贴”。2001年9月调入清华大学人文学院思想文化研究所，现任清华大学历史系教授、博士生导师。王晓毅教授长期致力于中国古代思史，特别是魏晋时期的思想史研究。先后承担的研究课题有“儒释道与魏晋玄学的形成” （国家社会科学基金“九五”项目）、“魏晋学术思潮研究”（山东大学杰出青年基金项目）、目前在研的课题有“魏晋玄学与官方儒学”（2004国家社会科学基金规划项目）、“郭象思想研究”（清华大学人文学院“985”调控项目）。